Öykü, bir isyan girişimi sonrasında mahkumların cezalandırılması amacıyla kurulan altıncı koğuşta geçer. Koğuşta bulunan mahkumlar, ağır işlerde çalıştırılırlar ve yetersiz beslenme, kötü barınma koşulları ve sağlık hizmetlerindeki yetersizlikler nedeniyle sağlık sorunları yaşarlar.

Öykünün merkezinde yer alan karakter, hastalığı nedeniyle diğer mahkumların alay ettiği ve dışladığı bir adamdır. Ancak, bir gün hastaneye götürülür ve orada ona insanca muamele edilir. Bu deneyim onun yaşamındaki önemli bir dönüm noktası olur ve diğer mahkumların da dikkatini çeker.

“Altıncı Koğuş”, insanlık dışı koşullar altında yaşamanın ve insanların hayatta kalma mücadelesi verirken karşılaştıkları zorlukların bir portresidir. Çehov, toplumun en savunmasız kesimlerinin yaşadığı acıları anlatarak, okuyucuya insanlığın karanlık yönlerini ve dayanışmanın önemini gösterir.